99式仍沿用过去的机械传动央视曝光的99式坦克发动机与液压辅助手排变速箱系统，传动装置由传动箱、两个侧变速箱与同轴侧传动器组成，侧变速箱为二级行星齿轮式，带摩擦离合器，使用液压操作，每个侧变速箱内有2个闭锁离合器和4个机械式制动器，总共有7个前进档和1个倒退档；
行进中的99式改进型车队在99改型上，中国以1200马力的150HB发动机为基础，开发新一代的1500马力大功率柴油机，以德国MTU MT883作为性能指标。此种新发动机以及新的传动系统已经安装于98式改坦克进行测试，并展现了80公里每小时的大道路速度以及60公里每小时的大越野速度。
在行走部分上，99式坦克采用两条双销挂胶履带（每条由85块履带板组成，总质量为2.1吨，使用寿命为10000公里）、6对直径为730毫米的双缘路轮、两对挂胶托带轮、两对挂胶托边轮以及主动轮和诱导轮组成，主动轮在后，诱导轮在前。在、第二和第六路轮上安装有液力套筒式避震器和“Z”形轴避震器。悬吊装置的扭杆沿底甲板横向布置，操纵装置的拉杆沿侧甲板布置。由于对扭杆进行了改进，路轮行程增至340毫米，从而使车辆平均行驶速度提高了12%，从停车状态加速到42公里/小时只需10秒。
