枯草芽孢杆菌是芽孢杆菌中具有应用潜力的菌种之一。枯草芽孢杆菌是一种植物根际促生细菌，广泛存在于自然界中，因其便于筛选分离，所需营养成分简单，生长繁殖速度快，适应性及抗逆性极强，而利于大量培养。枯草芽孢杆菌能够分泌多种蛋白类和激素类活性物质，天然无毒害，是一种高效、经济、环保的微生物“工具”。近年来，枯草芽孢杆菌在提高作物抗性、促进作物生长、改良土壤、改良作物品质这4个方面的研究不断深入。
1.提高作物抗性
枯草芽孢杆菌通过降低作物病害、增加作物抗逆境能力以及克服作物连作障碍等3个方面综合提高作物的抗逆性。枯草芽孢杆菌具备定殖能力，可以在作物根、茎、叶内部和土壤中成功定殖，从而抢占空间与营养，阻碍病原菌对作物的侵染与伤害。枯草芽孢杆菌在定殖后可以产生抗生素、抗菌蛋白等活性物质使菌丝发生扭曲、肿胀和变形，进而抑制病原菌的生长，实现对病害的防治。
枯草芽孢杆菌不但能直接抑制植物病原菌，能通过诱发植物自身的抗病潜能从而增强植物的抗病性。枯草芽孢杆菌能够产生细菌素，这种细菌素属于抗菌肽类型，具有分子量低、水溶性好、热稳定性好、强碱性和广谱抗菌等特点。
酶类及蛋白类抑菌物质许多枯草芽孢杆菌生长代谢过程中会分泌一些抑制植物病原物的酶类或活性蛋白，其生防作用显著。枯草芽孢杆菌分泌的酶类有几丁质酶等。枯草芽孢杆菌分泌产生的抗菌蛋白对植物病原菌抑制作用机制包括抑制病原菌孢子产生和萌发，使得菌丝畸形，细胞壁溶解和原生质泄露。新抗菌蛋白的获得将为抗菌基因的克隆和转抗菌蛋白基因植物的研究奠定理论和实践基础。脂肽类抗生素枯草芽孢杆菌非核糖体途径合成的抗生素根据其结构上的差异分为伊枯草菌素家族、表面活性素和丰宁素，加上一些结构未知的环肽抗生素。脂肽类抗生素抗菌作用的原理是其对细胞膜结构特性的影响，通过改变细胞膜通透性抑制病原菌的生长。伊枯草菌素是一大类小分子环脂肽类物质，这类物质对大多数的致病酵母和霉菌具有强烈的抗菌能力，对于某些种类细菌也有抗菌性。多肽类物质枯草芽孢杆菌产生的抗菌多肽，包括环状、线状和分支环状3种，该多肽不仅热稳定性好，能抗紫外线照射，对植物炭疽病菌和番茄青枯病菌等多种植物病原真菌和细菌有强烈的抑制作用，对辣椒果炭疽病具有防病效果。其他种类的抗菌物质枯草芽孢杆菌还可以产生大环内酯类、酚类、异构香豆素和多烯类抗菌物质，或通过抑制原核生物蛋白的合成来抑制病原细菌的活性。
2.促进作物生长
枯草芽孢杆菌能够分泌促进植物生长的活性物质，促进作物生长，有助于增产增收。主要机制之一就是诱导植株体内吲哚乙酸等促进植物生长激素含量的提高，并降低脱落酸等抑制植物生长激素的形成。添加该菌株与不含该菌株处理相比，显著增加了株高、挂果数、茎粗等且产量显著提高。有些枯草芽孢杆菌还具有解磷的作用，可以将土壤中的无机或有机磷溶解，为作物提供更多的可用养分。
3.改良土壤
枯草芽孢杆菌改良土壤主要表现在调节土壤养分、改变土壤微生物菌群结构、分解土壤残留农药等方面。施用枯草芽孢杆菌可以显著增加土壤碱解氮和速效磷含量、速效钾和全钾含量，与枯草芽孢杆菌用量成显著正相关。有机质是衡量土壤肥力的重要指标，能够在枯草芽孢杆菌的作用下，随菌剂用量的增加而显著增加，从而改善和调节耕层养分，利于作物生长所需营养的供给。随着土壤养分的改变，土壤中微生物的代谢速度加快，种群结构发生改变，细菌、放线菌数量明显增加，真菌数量明显降低。枯草芽孢杆菌对土壤中的硫磷具有较强的降解能力，对辛硫磷、丙溴磷的降解效果也较明显，有效降解土壤残留的农药。
4.改善作物品质
枯草芽孢杆菌在土壤中定殖后，会产生大量的植物激素和有机酸，刺激根系的生长，改良土壤质量，促进作物生理代谢，形成良性的植物 -土壤 - 微生物生态系统，从而有效提高作物品质。