农业微生物时代即将来临，微生物菌剂在农业中的应用将更加广泛。
微生物菌剂是解决传统农业所带来问题的解决办法。其实传统农业的种植问题根本上是人为干扰了自然的平衡规律，导致各种问题的发生，而能够解决这些问题的根源在于解决微生物菌系的平衡。
传统农业种植习惯，增加了有害微生物菌的产生，而降低了有益微生物菌的数量，在更改掉一些不好习惯的同时，补充相应的有益微生物菌，便可以解决当下的很多农业问题。
其一，补充枯草芽孢杆菌、苏云金芽孢杆菌、哈茨木霉菌等多种有益微生物。
枯草芽孢杆菌可以增加作物的抗逆性并且固氮，还能改良土壤环境，抑制有害菌繁殖；苏云金芽孢杆菌用于生物杀虫剂。
其二，重茬可使用微生物菌进行土壤的改良，从而达到抗重茬的效果。
有益微生物菌有固氮解磷解钾的作用，从而调节土壤营养，改良土壤，微生物菌可降解农药残留，从而解决土壤积毒的问题；其次有益微生物的增加会抑制有害微生物的生长繁殖，从而减少病害菌，减少病害。
其三，有益微生物可降解大量使用的化肥，进而转化为植物所容易吸收的养分，以此提升化肥的利用率，减少大量使用化肥对土壤的破坏，解决土壤板结酸化盐碱化的问题。
其四，微生物菌是生粪发酵的主要作用物，可使用微生物菌提前对生粪进行腐熟发酵后再使用到土壤中，从而避免生粪对土壤及植物的损害。
其五，微生物菌可降解土壤中的中微量元素，从而促进植物对中微量元素的吸收。
其六，微生物菌可降解农药残留和土壤中的重金属，从而提升农作物的品质。
微生物菌剂是利用有益微生物培养制成的一种活菌制剂，重点是“有益”和“活的”。大自然中存在多种多样的微生物，也存在菌群平衡，有益微生物菌是良好状态的维护者，就如同肠胃中的乳酸菌一般，是一种提升健康的菌。
微生物菌剂在使用过程中虽然无法替代化肥以及农药（特别是在病虫害的爆发期，农药可快速控制病情，而微生物菌要通过一段时间的作用才可产生作用，所往往需要线控制情况，再使用微生物菌进行改良），但微生物菌有其独特的作用，它所带来的土壤的生态平衡会使植物增加抗病抗逆性，从而减少病虫害。也就是讲使用微生物菌剂要以预防病虫害为主，而不是要等爆发以后再进行使用。打个比方讲微生物更像是中药，农药更像是西药，一个在于调节从根上预防，一个讲求效果快，但损害也大。