简单来说，H5商城方便操作，小程序商城功能强大。H5商城能做到的，小程序几乎都能做到；小程序可以做到的，H5商城不一定可以做到。
1.H5商城和小程序商城都有的功能：
商品展示、交易、拼团砍价等营销功能
2.H5商城有，小程序没有的功能：
H5商城能直接分享朋友圈，小程序只有通过小程序码的方式分享到朋友圈
3.小程序有，H5没有的功能：
附近的小程序：小程序商城可以显示在附近的小程序里面，直接显示给附近5公里的用户，引流上相对比较容易，H5商城则是没有这个功能的；
可以在微信内被直接搜索：小程序的名字是有唯一性的，唯一性重要的点，是用户可以直接在微信搜索商家的小程序商城，H5商城不具备名字的唯一性，很重要的一点在于H5商城不能在微信上面直接被用户搜索到，也就是说H5没有自然流量的入口，很大程度上只能依靠私域流量；
客户留存：小程序使用过一次，用户就可以在微信界面下拉，找到曾经使用过的小程序，对客户的留存度会比较高，H5商城则需要用户手动添加收藏才可以进行下次的继续访问；
小程序商城主要以微信为载体，不需要下载安装，节省手机空间，H5商城应用的范围比较广，不仅可以应用在商城网页上，还可以应用在PC商城上，只要通过链接跳转就可以顺利进入到商城中，适用性会比较高。两者的选择具体还要从企业的需求，性质，所在行业去对比选择，不能一概而论。
