非遗传统黑膏药、纯植物中草药配方、家传中药偏方想要申请合法三证及完善中药批号，需要以下步骤：
申请合法三证：
准备条件：如果想要销售自己生产的药品或者经营药品，需要具备相应的药品经营条件，包括有符合要求的经营场所、仓储设施、质量管理体系等。经营场所要符合药品储存和销售的要求，仓储设施要能够保证药品的质量和安全，质量管理体系要能够对药品的采购、储存、销售等环节进行有效管理。
申请流程：向所在地的市级药品监督管理部门提出申请，提交相关的证明材料，包括经营场所的产权证明或租赁合同、仓储设施的平面图、质量管理文件等。药品监督管理部门会对申请材料进行审核，并进行现场检查，如果符合要求，会颁发药品经营许可证。
准备条件：需要有符合药品生产要求的生产场地、设备、技术人员和质量管理体系等。生产场地要符合相应的卫生标准和安全要求，设备要经过校验和维护，技术人员要具备相关的专业知识和技能，质量管理体系要能够确保产品的质量和安全性。
申请流程：向所在地的省级药品监督管理部门提出申请，提交相关的证明材料，包括生产场地的平面图、设备清单、技术人员的资质证明、质量管理文件等。药品监督管理部门会组织现场检查，对生产条件进行审核，如果符合要求，会颁发药品生产许可证。
准备材料：确定公司名称、经营范围、注册地址、法定代表人等信息。需要准备法定代表人的身份证、经营场所的产权证明或租赁合同等相关文件。
申请流程：向当地工商行政管理部门提交申请材料，工商部门会对材料进行审核，如果符合要求，会核发营业执照。
营业执照：
药品生产许可证（如果适用）：
药品经营许可证（如果涉及药品销售）：
完善中药批号：
产品的配方和成分说明，详细列出中药的种类、用量和比例等。
生产工艺流程图，描述产品的生产过程和关键工艺参数。
质量标准和检验方法，确定产品的质量指标和检验方法，以保证产品的质量和安全性。
安全性和有效性研究报告，如果是申报药品或医疗器械，需要提供相关的药理毒理研究、临床试验等报告；如果是申报其他类别，也需要提供一些相关的安全性和有效性的证明材料。
公司的营业执照、法定代表人身份证等相关证件。
确定申报类别：根据中药产品的特性、用途和功效等，确定适合的申报类别。常见的类别有药品（健字号、药字号）、保健食品（食字号）、消毒用品（消字号）、医疗器械（械字号）、化妆品（妆字号）等。例如，如果黑膏药主要是用于缓解疼痛、辅助治疗疾病，可能适合申报药品或医疗器械；如果主要是用于保健、护理皮肤等，可以考虑申报健字号或妆字号；如果有抗菌、消毒等作用，可以申报消字号。
准备申报材料：
提交申报材料：将准备好的申报材料提交给相应的药品监督管理部门或相关的审批机构。如果是申报药品，需要提交给国家药品监督管理局或省级药品监督管理部门；如果是申报其他类别，可以提交给省级卫生健康部门或相关的行业主管部门。
审批和检验：审批机构会对申报材料进行审核，如果材料不完整或不符合要求，会要求补充材料。对于一些需要进行检验的产品，会安排指定的检验机构进行检验，检验内容包括产品的安全性、有效性、质量等方面。
获得批号：如果产品通过了审批和检验，符合相关的标准和要求，审批机构会颁发相应的中药批号，产品就可以合法生产和销售了。