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生产有机肥的原料有很多，可按以下几种方法来区分：
一、按原料来源分类
(1)作物秸秆及其他植物残体。这部分植物来源主要包括稻草、麦秆、玉米杆、园林废物等。
(2)畜禽粪便。如猪粪、牛粪、羊粪等养殖粪便。
(3)农副产品下脚料。如豆粕、菜饼粕、味精渣、蘑菇渣等。
(4)居民生活垃圾。如餐厨垃圾、草木灰等。
(5)其他原料。如沼渣、泥炭、草木灰、淤泥、城市生活污泥等。
二、按主次作用分类
(1)主要原料。通常主要原料占整个物料的30%-80%，由一种或几种原料构成。常用的主料有畜禽粪便、秸秆粉、蘑菇渣等。
(2)辅料。主要是用来调节水分、碳氮比、PH值及通透性的一些原料，由一种或几种原料组成。通常这类原料占整个物料的40%以下，单一物料所占比例不超过20%。常用的辅料有麦麸、豆粕、草炭、草木灰、生石灰等。
三、按原料性质分类按原料性质可划分为含碳原料、含氮原料和调理剂类原料。
(1)含炭原料。是指有机碳含量高的原料，这类原料通常用作堆肥主料，如秸秆、稻壳、蘑菇渣等。除秸秆堆肥外，多数含炭原料作为辅料，用来调节水分、碳氮比、容重和增强物料的通透性。
(2)含氮原料。一般指碳氮比在30:1以下的原料，如畜禽粪便;也有一些做辅料用来调节碳氮比的高氮原料，如豆粕、鱼粉等。
(3)调理剂类原料。主要指用来调节PH值的原料，如调节酸度的生石灰、调节碱度的石膏等。有时也将调节碳氮比的原料归纳为调节剂，如过磷酸钙、磷矿粉等。
有机肥在制造过程中，可分为两个工段：发酵工段与造粒工段。堆肥发酵工段中畜禽粪便等有机固体废物经发酵、腐熟、脱水、除臭后粉碎过筛成（粉状）生物有机肥，过筛后的粉状生物有机物进入造粒工段，造粒过程中腐熟成熟后的物料经过造粒、冷却、筛分、包装后即成颗粒生物有机肥
