有机肥生产线全套生产过程包含：原料混合、发酵、粉碎、造粒、烘干、冷却、筛分、包膜、添功能菌、补矿物元素、包装入库。全套流程成为商品有机肥。
有机肥生产线-发酵设备：
槽式发酵设备：
优点：设备稳定，使用成本低，堆料深度高，发酵产量高。
缺点：需要建设发酵槽，适合规模化有机肥厂发酵使用。
粪便有机肥生产线发酵：
发酵过程分为：堆肥、升温、翻抛、无臭、松散、成肥。堆肥时畜禽粪便80百分比，秸杆20百分比，粉碎混合。秸秆与粪便的掺入比例可根据粪便含水量而定。一般发酵要求65百分比的含水量，也就是手捏成团，手指缝见水，但不滴水，松手一解即散。然后添加玉米面或者米糠和菌种，玉米面的作用是增加糖分，供菌种发酵用，使多维复合酶菌很快占优势。将配好的混合料加入搅拌机进行搅拌，搅拌要匀，要透，不留生块。
搅拌好的配料堆成宽1.5米-2米，高0.8米-1.2米长度不低于5米的长条，发酵过程注意适当供氧与翻堆（温度升至75℃或以上时要翻倒几次），升温控制在65℃左右，温度太高对发酵物有影响。
发酵物料的水分应控制在60～65百分比。过高过低均不利于发酵,水过少,发酵慢；水过多会导致通气差、升温慢，并产生臭味。
发酵初期温度在60℃-80℃，消除了鸡粪的臭味与其他菌；发酵堆肥中期物料变得松散干爽，长白色菌丝；发酵成熟期物料发出酒曲香味，菌肥便发酵成熟。
